Los animales silvestres con los que el Refugio trabaja son recuperados principalmente de casas de los pobladores vecinos, tanto de Rurrenabaque, como de comunidades vecinas, donde viven generalmente en condiciones de cautiverio, amarrados o enjaulados, con deficiencias de alimentación y en pobre estado de salud.
Entre las principales causas para que la gente tenga animales silvestres en sus casas, se encuentran la cacería ilegal para obtener el cuero (jaguar, tigrecillo, oso hormiguero, puma, entre otros) y en muchos casos la víctima es una madre con cría que es atrapada y criada en cautiverio, pero no por mucho tiempo, ya que a medida que crece el animal muestra su instinto salvaje y es encadenado o enjaulado para que no produzca daño a los animales domésticos, a los niños y a ellos mismos.
En otros casos, el proceso ocurre de la misma manera, aunque la muerte de la madre es para usarla como alimento (anta, venado, chancho, monos y otros), de igual manera la cría queda sola y es atrapada.
Se dan casos también de cacería para comercializar el animal en otros lugares de Bolivia o a pedido de gente que hace tráfico de animales para ser vendidos a precios muy altos (parabas, loros, serpientes, monos, etc).
En muy raros casos se ha producido la muerte de la madre como protección o defensa, cuando el animal (jaguar, tigrecillo, puma, melero, tejón, entre otros) se ha acercado a las casas de comunarios en busca de alimento.
La cacería ilegal, está siendo controlada dentro de las Áreas Protegidas Madidi y Pilón Lajas, sin embargo es casi imposible impedir que se realice en las zonas que no tienen protección, incluso en las zonas de influencia de estas áreas protegidas.
La institución encargada de velar por esta situación, fuera de las áreas protegidas es la Dirección de Vida Silvestre de la Prefectura del Departamento. Sin embargo, su trabajo se limita a realizar el control para evitar su salida a otros lugares y no así de prevenir que ocurra o controlar y aplicar las normas.
A través de las instituciones correspondientes, Prefectura y Áreas Protegidas, se realizará el decomiso de los animales. El Refugio recibirá los animales decomisados por las instituciones correspondientes y por entregas voluntarias de personas que tengan estos animales en su poder. El Refugio no realizará ninguna acción coercitiva, su función es de rehabilitación de los animales y el de concientizar a las personas para que eviten realizar estas malas prácticas de cacería de animales silvestres y en caso de tener un animal en su poder lo entreguen voluntariamente para su rehabilitación.
Los animales recuperados serán trasladados al Refugio y puestos en cuarentena para iniciar su proceso de rehabilitación y reinserción, en las 4 fases propuestas, primera fase de cuarentena, segunda fase de rehabilitación, tercera fase de aprendizaje para la reinserción y cuarta fase de reinserción definitiva.
Las tres primeras fases se realizan en el Refugio Jaguareté y la cuarta fase se realizará en la Zona Suapi de la Reserva de Biosfera y Tierra Comunitaria de Origen Pilón Lajas. Esta zona de la reserva es apropiada para un proceso de reinserción puesto que no cuenta con poblaciones cercanas, es un lugar con poca intervención humana anterior, está calificada como zona intangible y además cuenta con un puesto de control de Guardaparques que evita el ingreso de cazadores y otros y apoyará al proceso de seguimiento y monitoreo de los animales.
Entre las especies principales previstas para ser manejadas en el Refugio, se encuentran las siguientes.