Die Wildtiere, die in der Station aufgenommen werden, kommen vor allem aus Haushalten der umliegenden Ortschaften, sowohl aus Rurrenabaque wie auch aus Nachbargemeinden. Diese Tiere leben in der Regel in Gefangenschaft, festgebunden oder in Käfigen, bei unzureichender Ernährung und in schlechtem Gesundheitszustand.
Die Bewohner der Region halten solche Tiere vor allem deshalb, weil sie sie während der Ausübung der illegalen Jagd diese Wildtiere finden. Die Jagd gilt in der Regel den Fellen von Tieren wie dem Jaguar (Pantera onca), Tigrecillo (Oncifelis geoffroyi), Ameisenbär (Myrmecophaga tridactyla) oder dem Puma (Puma concolor). In vielen Fällen handelt es sich bei der Jagdbeute um ein Weibchen mit einem oder mehreren Jungtieren. Diese werden von den Jägern angelockt und dann in Gefangenschaft aufgezogen. Allerdings können die Tiere nicht für lange Zeit im Haus gehalten werden, da sie mit zunehmendem Alter ihre Instinkte entwickeln und für die Menschen gefährlich werden bzw. versuchen auszubrechen. Dann werden die Tiere oft angebunden oder in Käfige gesperrt, um zu vermeiden, dass sie Haustiere, Kinder oder andere Familienmitglieder verletzen.
In anderen Fällen werden Wildtiere wie z.B. Rotwild, Wildschweine oder Affen zur Nahrungsbeschaffung gejagt. Auch dabei werden oft Weibchen erlegt, deren Junge dann allein zurückbleiben und in Gefangenschaft gehalten werden.
Ebenso spielt der Verkauf von lebenden Wildtieren eine immer größere Rolle. Händler kaufen den Jägern die Tiere ab, um sie an anderen Orten in ganz Bolivien zu sehr hohen Preisen zu veräußern (Papageienarten, Schlangen, Affen etc.).
In seltenen Fällen werden Muttertiere getötet, wenn sie sich auf der Suche nach Nahrung besiedelten Gebieten nähern. Dies betrifft vor allem Tiere wie den Jaguar, Tigrecillo, Puma, Melero (eine Marderart - Eira barbara) oder Nasenbären (Nasua nasua).
In den Schutzgebieten Pilón Lajas und Madidi wird versucht, die illegale Jagd durch Kontrollen einzudämmen. In Gebieten, die nicht unter Schutz stehen, dazu gehören auch die Einflusszonen an den Grenzen der beiden Schutzgebiete, ist es jedoch fast unmöglich die Jagd zu unterbinden.
Außerhalb der Naturschutzgebiete ist die Wildtier-Direktion der Präfektur des Departamentos für die Überwachung der Region zuständig. Allerdings besteht deren Arbeit daraus, die Ausfuhr von Wildtieren aus diesen Gebieten zu kontrollieren, nicht aber in der Unterbindung der Jagd und der Kontrolle der Einhaltung der gesetzlichen Vorgaben.
Die Beschlagnahme von Wildtieren wird durch die beiden zuständigen Behörden, der Präfektur und der Schutzgebietsverwaltung erfolgen. Die Wildtierstation wird von den Behörden beschlagnahmte Tiere übernehmen sowie solche Tiere, die freiwillig von den Haltern abgegeben werden. Die Betreiber der Wildtierstation werden keinerlei Zwangsmaßnahmen durchführen. Die Aufgabe der Station besteht ausschließlich in der Aufnahme, Betreuung und Auswilderung der Tiere sowie in Maßnahmen, die dazu dienen, das Bewusstsein der Bevölkerung zu stärken, um die Jagd auf Wildtiere zu verhindern und im Falle der Haltung in Privathäusern ihre freiwillige Abgabe mit dem Ziel der Auswilderung anzuregen.
Die abgegebenen Tiere werden in der Station zunächst in Quarantäne verbracht, um den Prozess der Wiederauswilderung mit den beschriebenen vier Phasen zu beginnen - Phase 1 ist die Quarantäne, Phase 2 die Rehabilitation, Phase 3 die Vorbereitung auf das selbständige Leben in der Wildnis und Phase 4 die endgültige Auswilderung.
Die drei ersten Phasen werden in der Wildtierstation Jaguareté durchgeführt; die vierte Phase im Gebiet Suapi im Biosphärenreservat Pilón Lajas. Dieses Gebiet ist für die Auswilderung geeignet, da sich keine Siedlungen in der Nähe befinden und der Einfluss des Menschen auf dieses Gebiet bisher nur gering war. Darüber hinaus ist es für menschliche Aktivitäten gesperrt und es gibt einen Kontrollposten der Parkwächter, der das Eindringen von Jägern und anderen verhindern kann sowie die Beobachtung der Tiere unterstützt.